Мутнеет вода в аквариуме по самым разным причинам и муть отличается в достаточно широких рамках. Но попробуем найти основные причины.
Во-первых, следует отдельно рассмотреть причину плотной белой мути, которая создает впечатление разлитого в аквариум молока и имеет бактериальное происхождение. Этой проблеме посвящена следующая статья (смотрите ниже).

Бывает, что при заливке свежей воды из-под крана мутнеет вода в аквариуме. Происходит это в основном из-за перепада температуры и разной концентрации газов (в основном кислорода). Подобная муть исчезает спустя 15-20 минут и смертельной опасности не представляет. Правда, если при этом заливается около 30% объема аквариума, рыба может кратковременно испытать шок (лечь на дно). Поэтому лучше использовать отстоянную воду.
Мутнеет вода в аквариуме также из-за присутствия мелких взвешенных частиц непосредственно в новой воде. Это может быть песок, осадок или ржавчина из труб и т.п. В большинстве случаев опасности это не представляет, а муть осядет спустя 2-4 часов.
Если в аквариуме неподходящие условия для растений, или они проходят период адаптации, старые листья начинают отгнивать. Какая-то часть их раствориться в воде, что-то осядет на дно, а что-то может свободно плавать, пока окончательно не раствориться. В этом случае немного мутнеет вода в аквариуме, но за пару дней это проходит.
Использования слабого фильтра приводит к тому, что фильтрация осуществляется недостаточно. В результате гнилые сброшенные листья, остатки корма и жизнедеятельности рыб образуют взвесь, которая при использовании специализированных аквариумных ламп еще и хорошо подсветится. Никогда не стоит пренебрегать хорошим фильтром. Он хоть и стоит дороже, но обеспечит прозрачность воды, а, следовательно, и хорошие условия для Ваших питомцев.
Старая, трухлявая коряга со временем крошится, а сомы ей в этом помогают. В результате образуется муть из взвешенных частиц древесины. Они настолько малы, что сразу даже непонятно причину. Но проверив коряги, все становится ясным. Такие коряги нуждаются в своевременной замене, к тому же они выделяют большое количество дубильных веществ.
Еще одной причиной, почему мутнеет вода в аквариуме, может быть наличие роющихся рыб. Например, боции обычно находят свое место (где-то под корягой или камнем) и вырывают там небольшую ямку. Если по каким-то причинам она засыпается или идет конфликт за территорию, они продолжают рыть. Таким образом, грунт постоянно тревожат, и частицы его постоянно попадают в верхние шары, вызывая муть.
Активное размножение рыб, точнее, выделение их продуктов размножения также вызывает мутность воды. Однако рыбы должно быть много, а нерест массовым.